见楚王世子身体痊愈之后，李时珍便趁机向楚王管家提出辞行。
李时珍找到楚王府管家，恳切地对他说道：“烦请您转告王爷，世子的身体已经康复了，我留下来也没多大作用了，想到蕲州家里上有老，下有小，还有医馆的生意需要人打理，我准备在两天之内启程回蕲州去。”
楚王管家听李时珍这么说，连忙说道：“李大夫，实不相瞒，据我对我家王爷的了解，感觉他不太可能就这么轻易的让你离开楚王府，但是我还是把你辞行的事情转告给楚王。”
李时珍和楚王府管家道别之后，就在楚王府一处厢房里，安静的等待消息。
很快，楚王府管家将李时珍辞行的事情告知楚王。楚王听说李时珍要走，立刻派人将李时珍找来问话，并告知李时珍去丹房详谈。
在楚王府丹房里，李时珍见到了楚王。此时的楚王正在闭目养神，听到李时珍的脚步声，就缓缓睁开眼睛，起了身来。
楚王看向李时珍，有些不舍的说道：“本王听管家说你要走，这是真的吗？本王知道你医术高明，王妃对本王说，她打算赏你珠宝，本王也打算要封你一个官职做做。现在本王的奉祠所还缺一个奉祠正，你就留下来，做奉祠正吧。”
李时珍连忙解释道：“王爷，我要辞行，一是因为世子的身体，如果不受到别的什么刺激，我担保不会再犯了，所以，我留在这里没有多大用处。二是因为家中有些小事，我放心不下，要急着回去处理，为此，恳求王爷放我回家乡蕲州。”
楚王有些不满的说：“李大夫，你是不是嫌八品官职小了？你为王府立了大功，你一定要接受王妃的赏赐和本王的封官，你不要再提什么辞行的话了，有什么困难，尽管告诉管家，让他去帮你解决。”说完，不管李时珍愿意不愿意，楚王起身就走了。
就这样，李时珍在万般无奈之下，不但在楚王府留了下来，还在楚王奉祠所担任奉祠正一职。
虽然官职不大，但好歹也是王府官员，不再是一个平民身份了，以后李时珍再也不能像往常那样行动自由了，毕竟现在是王府官员，大部分时间都只能呆在王府里。
而身为王府官员，再也不能像往常一样为平民治病了。这也让他“行医天下”的理想，暂时搁浅了。因此，李时珍时刻现想着恢复自由之身，终于，这个机会来临了。
嘉靖三十五年（1555年）中秋佳节，楚王妃为感谢李时珍治好世子的顽疾，特意在王府摆了几桌丰盛的宴席。
在宴席结束时，王妃命王府侍女捧出了一盘金光闪闪的珠宝，送到李时珍面前。
王妃对李时珍说道：“感谢李大夫为世子治好了多年的顽疾，这点珠宝算是王府的酬劳，请你收下，不要推辞。”
李时珍一再推辞不受，他说：“为世子治病是当大夫的本分，王妃娘娘的赏赐，万万不敢接受。我不要赏赐。不过我两个请求，还请王妃娘娘允许。一是允许让我随时查阅王府有关医药方面的典籍；二是允许我能自由地在武昌附近的山川中，采集一些有用的药材，以备急用。”
楚王妃一想，这两件事情，挺简单的。于是爽快的说道：“这两件事是李大夫分内的事，楚王和本宫答应你就是。李大夫做事，如此认真负责，更应该得到奖赏。这点珠宝，也请先生一定收下。”
李时珍十分感激地说：“王妃娘娘允许了我的两项请求，对我来说，这比珠宝贵重十倍。我是个行医的大夫，珠宝对我用处不大，因此，赏我珠宝，我是坚决辞谢的，还请王妃娘娘收回成命。”
听李时珍再三推辞，楚王妃无奈，只好收回成命。
从这以后，楚王府内纷纷传颂着李时珍拒受王妃赏赐，转而请求读书、采药的事。因此，他在王府里受到了很多仆人、侍女们的敬佩。
对李时珍来说，虽然辞谢了珠宝，但可以在不受干扰的情况下，做一些自己想做的事情。如此一来，既可以增长见识，又可以获得行动自由，一举两得。
李时珍除了在王府查阅医书典籍，他有时还在附近的山上采集草药。他常去的地方叫做蛇山，就在武昌城外。
蛇山上有一座观音阁，这是一座很小的寺庙。李时珍来蛇山采药时，常在观音阁里休息，一来二去，渐渐地和观音阁这里的人熟悉起来。
观音阁里有一个颇懂医术的老和尚，他和李时珍谈得十分投缘，两人因此结下了深厚的友谊。
随着李时珍在楚王府供职的消息传出之后，许多患有疑难病症的病人和病人家属都知道他是湖广名医，都选择不远万里前来向他求医治病。可惜的是，李时珍此时身在王府里，不能随意出来给平民看病。
但是李时珍经常去找观音阁老和尚讨论医术的事情被传出去之后，蛇山附近的百姓也都认识了李时珍。许多病人的家属干脆就到王府大街的街口等候着，遇上他，就请他去看病。还有一些武昌府附近慕名而来的病人，就直接到观音阁找他看病。
久而久之，观音阁成了李时珍的义务医馆，一时间，来这里看病的人，越来越多。
观音阁的老和尚看到李时珍每天热心地为平民百姓看病，非常劳累，就劝他注意休息。
李时珍说：“我辛辛苦苦十几年学来的一点医术，总不能只为几个王府贵人看病吧？不问平民百姓的疾苦，却让自己闲闲散散地过日子，这对我来说岂不是极大的浪费吗？到这里来，多治好一些病人，虽然劳累一点，但心里高兴，也就不觉得累了。”
就这样，李时珍一边在王府看医书学习，一边去蛇山采药，一边去观音阁为百姓治病，时间过得很充实，不知不觉中，李时珍在楚王府生活了快两年了。
嘉靖三十六年（1556年），朝廷下令各地官吏推荐医术高明的大夫，到京城太医院供职。由于李时珍的名声响遍湖广，自然也在被推荐的名单之中，楚王想留也留不住，于是推荐他去了京城。这一年，李时珍38岁。
随后，李时珍离开了生活将近两年的武昌城，来到了京城。
在太医院里的太医，大多数都是一些趋炎附势的轻浮之徒，因此，李时珍无心结交。他整天浸泡在太医院藏书楼中，翻阅书卷，寻找他所需要的资料。
在太医院担任太医不久，李时珍就离开了太医院，回到了自己的家乡蕲州。