朱由校重获“肉身”后，告诉陆九笙，他打算做古玩生意，开始新生活。与陆九笙商议一番后，陆九笙把当年朱由校赏赐给陆守拙的刮刀变卖，换了本钱，两人便在潘家园摆起了地摊。
本来陆九笙是不愿意做这些的，但朱由校说他一个木头人抛头露面，恐怕会引起不必要的麻烦。所以就让陆九笙当起了店小二，躺在后面做了甩手掌柜。
摆地摊的日子并不好过，风里来雨里去，每天都要和形形色色、精明世故的买家打交道。陆九笙本就不善与人交流，做生意更是门外汉，不过好在朱由校这个掌柜的以前做过皇帝，什么奇珍异宝没见过，这古玩是大开门还是开门假，他一眼就看出来了。
慢慢地，两人也是积攒起了一些人脉和资金。没过多久，便盘下一家小店，开了一家古董店，取名“明斋”。明斋开张后，在两人的用心经营下，正式在古玩界开始崭露头角，吸引了不少行家光顾。
然而，陆九笙很快就察觉到，朱由校不像表面上那么简单，他似乎还藏着什么不为人知的秘密。平日里，朱由校看似专注于古玩买卖，只关注店铺生意。可一旦有真的古物买入，他的行为便很是怪异，他将自己和古物关在房间里，许久都不出来。而且，他还时常在夜深人静时外出，行踪诡秘。
出于好奇与和内心深处的不安，陆九笙开始留意朱由校的一举一动。果然在一次偶然的机会下，他在店铺后院听到了朱由校与一位陌生人的交谈。只听朱由校低声说道：“咱们新明会加入的人越来越多了，器灵收割计划要加快推进，务必在最短时间内搜罗到更多百年以上的古物。”
陆九笙心中一惊，新明会？这是什么组织？还有器灵收割计划是什么？
经过他多次暗中查探，终于知晓了朱由校的秘密。原来朱由做古玩生意，并不是为了重新生活，而是打着做古玩生意的幌子暗中招揽古玩界的各路人才，不惜重金四处搜刮世界各地的古物。对此。还专门成立了一个叫新明会的组织。不仅如此，他还通过一个被称作大金牙的中间人，与许多盗墓贼搭上了关系，一桩桩见不得光的古物交易在黑暗中悄然进行。
只买不卖，陆九笙愈发觉得困惑，他决定要弄清楚器灵收割计划到底是什么。
终于，在一个月黑风高的晚上，陆九笙在明斋的地下室里听到了器灵收割计划的内容，那就是搜集百年以上古物，抽取其中孕育出的器灵，汇聚能量，打开通往明朝的虫洞，好让他回到过去，完成未竟之志。而陆九笙家中世代相传的三异皮，竟是打开虫洞的关键密钥。
听到这个惊人的秘密后，陆九笙心急如焚，匆忙赶回家中。慌乱之中，他想起父亲留下的那三本破书，里面或许记载着什么。他在桌脚下找出这三本书，目光落在了那本没有封面的书上。
以前没有细看，他还以为是跟其他两本一样，是关于皮影戏的，便用来垫桌脚了。
他打开书，仔细翻看，一段被尘封的历史和三异皮的真相慢慢浮出了水面。
原来，在陆守拙被招进天工院之前，在一次硝制一块老羊皮时，他意外发现羊皮上居然刻着几行篆字。经过仔细辨认，他得知了一个惊天秘密：每到丙寅年的丙寅日，只要将鼍皮、鲛皮放在这张羊皮卷上，再借助百年古物孕育的器灵，便能开启天门。羊皮卷上还详细记载了抽取古物器灵的方法。
陆守拙掐指一算，发现当年正是丙寅年，心中不禁大喜。可鼍皮、鲛皮皆是世间罕有的奇珍异宝，百年古物也是寻常百姓难以拥有的。看来，开天门这种事，根本与自己无缘。
然而就在这时，他突然想起前些日子天工院发布的招募令。那些开天门的东西，他没有，但是有一个人有，那就是当今皇帝，只有皇宫才有可能集齐这些珍稀物品。于是，他毅然奉诏入宫，还凭借着高超的硝皮技艺，短短两个月个月就得到了皇帝朱由校的赏识，还被封了一个小官，天工院皮作主事。
然而，即便是进了宫，得到了皇帝的青睐。但想要得到那些名贵之物谈何容易。细思之下，陆守拙只得将羊皮卷献给皇帝，将羊皮卷上的内容告知了朱由校。
然而朱由校当时正沉迷于百工奇器，一心想着如何利用这些技艺增强国力，对这些子虚乌有的事根本不感兴趣。陆守拙进言道：“一旦天门开启，必有仙人降临。届时，大明有神仙庇佑，定能国祚绵延，四方来朝。”
一听到国祚延绵，四方来朝，朱由校来了兴趣。他虽对仙人之说半信半疑，但还是抱着试一试的心态，将暹罗国进贡的鲛皮和鼍皮交给了陆守拙，还赐予他许多唐宋时期的古物。
陆守拙终于集齐三异皮，他又按照羊皮卷上的方法，抽取了众多古物的器灵，满怀期待地等待丙寅日的到来。
到了那一天，他和朱由校在天工院摒退旁人，秘密进行开天门的仪式。当一切准备就绪，没想到真的出现了奇异的景象，蔚蓝的天空中，竟真的缓缓打开了一个缺口。
原本不抱希望的朱由校见到这一幕，激动异常，翘首以盼仙人的降临。然而等了许久，一直到了天黑，仙人都没有降临，天门出毫无一点动静。朱由校大失所望，只能悻悻而归。
但陆守拙并未放弃，他见天门真的开了，便坚信一定会有仙人降临，他从夜晚等到白天，又从白天等到夜晚。
功夫不负有心人，就在第三天天快亮的时候，天门突然出现异动，陆守拙惊喜之余，揉了揉眼睛，可没看到仙人降临，却看到一个庞然大物从天门里面冲了出来。陆守拙还没来得及反应，那庞然大物便向天工院扔下一个巨大的圆柱体，随后便和天门一同消失不见。
陆守拙诧异之间，那圆柱体已然落地，紧接着，一声震天巨响传来，天工院瞬间被夷为平地，陆守拙也没了意识。
等他再次醒来时，周围已是浓烟滚滚，断壁残垣，一片狼藉。他不知道为什么自己还活着，但他发现，那三件皮物居然也完好无损。看来十有八九是它们在关键时刻护住了自己。
陆守拙深知自己闯下大祸，哪里还敢去见朱由校，只能趁乱带着三异皮逃离了皇宫。
朱由校自去年落水以后，落下了疾病，本就身体孱弱，天工院的这场变故让他多年心血付诸东流，精神遭受了重创，第二年便驾崩了。
而陆守拙则隐姓埋名，流落民间。后来他跟一位西北兰县来的皮影艺人学会了唱皮影的本事，而后凭借自己的硝皮技艺，组建了一个皮影戏班子得胜班。
为了掩人耳目，他将鼍皮制成一条腰带，鲛皮做成一件披风，又在羊皮卷上糊了一层，写上皮影戏《三贤传》的工尺谱，盖住了原来的篆字。他将三异皮随身携带，本打算等待下一个丙寅年再次开启天门。可下一个丙寅年还得外国六十年，他哪里能等得到，没过两年，他便离世了。临终前，他将三异皮和得胜班传给了儿子……
陆九笙得知三异皮的秘密后，内心充满恐惧。他深知，如果让朱由校得逞，陆守拙曾经引发的灾难极有可能再次上演，后果将不堪设想。
于是，他当机立断，趁着夜色，带着三异皮偷偷离开了京城。
为了以防万一，临走前，他将三异皮分开，将羊皮卷托付给一位天竺僧人，鲛皮披风交给了好友许浮生，自己则带着鼍皮腰带来到锦城，继承父亲的衣钵，继续唱起了皮影戏。
在锦城的日子里，他通过父亲留下的三本书，学会了皮影秘术，还发现了鼍皮腰带的奇异功能，转动腰带扣，可以切换防御模式，鳞片会自动硬化重组，形成刀枪不入的护甲。
几年后的一个雪夜，陆九笙在睡梦中被一阵婴儿的啼哭吵醒。他起身，打开门，竟发现门口放着一个婴儿，就是后来的徒弟陆知也。看着襁褓中啼哭的孩子，陆九笙心生怜悯，便将他抱进屋内，慢慢将他养大，并收他为徒，传授他皮影戏的技艺……