经过一段时间的磨合和适应，三省六部制已经基本上立住了根基。起初确实有一部分官员持反对意见，但是有荀彧、郭嘉、徐庶、戏忠等人，这些都是小问题。
眼看朝堂已经逐步稳定，郭辉决定启动军队改革计划。
曹操得到郭辉派人送来的消息后，召集自己的核心班底到御书房议事。除了曹操、郭辉，到场的有八大元帅和荀彧、郭嘉、陈宫、徐庶、戏忠五位大学士。不过，郭辉又建议曹操让太子曹昂也参加了会议，曹操思考后应允。
虽然曹操是皇帝，但是这次议会还是以郭辉为主，他负责阐述整个计划。
众人陆续到齐，互相见礼一番。郭辉开始切入正题：“诸位元帅、大人，此番相召乃为军制改革一事。诸公皆陛下之心腹，自然知晓军事之重，我今有强兵强军之法，请诸公度之。”
在场的元帅、大学士互相扫视一番，异口同声道：“我等愿为陛下肝脑涂地，请先生言之。”
“核心者，天下兵马尽归陛下节制。陛下为全国兵马大元帅，其次为诸位元帅。”
“我将军制改革分为六步：其一，设置八大军区，以幽州、凉州、益州、扬州、司隶、徐州、交州、荆州为中心分为东北、西北、西南、东南、中央、山东、南海、中南军区，各军区依地势、区域调整步骑数量，每五年各军区军事主官进行地域轮换，每十年各军区部队进行驻地轮换。”
“其二，精兵减员。以三个月为期，通过设置考核指标，对校尉以下士卒进行选拔。分三个档次，精锐兵士入选，登记为职业军人。次选者登记为屯田兵，划至各部屯田之所，忙时耕种，闲时训练。落选者遣返归家，按军龄发放安家费用。”
“其三，校尉以上军官，分批次集中学习兵法、新的训练方法与战斗技巧，由各军区推选代表和朝廷委派人员讲解兵法、分享战斗经验，提高军官的军事能力。”
“其四，设立功勋制度，等级依次分一等、二等、三等三级，种类分集体和个人两种。军功获得者除物质奖赏之外，根据等级由陛下至兵部颁发功勋奖章，以彰显荣誉。”
“其五，设立英雄纪念碑制度，由中央和其他军区设立，用以纪念为大魏牺牲的将士们。”
“其六，采用兵役登记制度，对适龄青壮进行兵役登记，选拔合格者服役三年，根据表现留用或办理退役。凡服兵役者，发放安家费，其父母妻儿享受朝廷优抚政策。为国捐躯者，朝廷另有政策并按时发放抚恤。”
“至于训练之法，我已让子龙元帅向众元帅展示，他们都表示可行。另外，以游击军为基，改编为特殊部队，兼顾特殊作战、刺探军情、军事刺杀等作用。以荆州、扬州水军为基，改编为海军，兼顾江河湖泊、海域作战、登陆作战等作用。”
郭辉说完赶紧喝口茶缓缓，让他们好好消化消化。
众人再次为郭辉的才学感到惊叹，只有他才能有如此奇思妙想。思虑片刻之后，众人纷纷表示同意。
曹操见状开口说道：“好，既然诸卿都无异议，那寡人决定，由太子曹昂牵头，曹仁元帅协助，先以中央军区为试点进行军制改革，而后逐步扩散至其他军区。各部尚书统筹相关事宜，务必保证改革顺利进行。”
“诺。”众文武异口同声。
“子兴，你方才所言特殊部队与海军何也？”曹操转头向郭辉问道。
“陛下，特殊部队者，乃军中精锐之精锐，非寻常士卒和精锐所能及。以特殊之法训练，令其部个个身怀绝技，武艺精湛，步骑兼具。飞檐走壁，登树攀岩如履平地，擅隐匿身形之法，犹如鬼魅一般出入无形。”
“海军者，亦可视为水军，然海军可出海作战，非寻常水军。众所周知，水军不善陆战，而海军则水陆战兼具，可称海军陆战队也。”
“如此说来，寡人倒是明了许多，依你所言，此特殊部队可由张燕率领，自成一部，直接听命于中央。不知这海军主帅可由何人担任？”曹操似有所悟，缓缓说道。
“启禀陛下，在下举荐周瑜周公瑾担任海军主帅，甘宁、黄祖为副。”郭辉没有隐瞒，诚心推荐。
“哦？子兴认为周瑜会答应吗？”曹操略有不解。
“陛下所疑，我想奉孝可以解惑。”郭辉没有正面回答，而是把问题抛给了郭嘉。
郭嘉自从上次“算计”了周瑜，心里说实话还是有那么些愧疚的，既然郭辉把机会交给了自己，那就尽力替周瑜说点好话吧。“陛下，周瑜此人素有大志，昔日虽败于我手，实乃形势所迫。今陛下组建海军，以其人之才足堪其任，至于是否奉诏，臣虽不敢断言，但有六七分把握。臣愿请命，亲往舒县说其来投。”
“好，奉孝可代表寡人许诺于他，他若就任，寡人可特批其为大魏第九大元帅，统领大魏海军。”曹操也是十分霸气，直接许诺周瑜海军大元帅之职。
郭嘉欣然领命。
后面，众人又商量了一下中央军区试点的细节后就散会了。
议事结束后，郭嘉就马不停蹄地赶往了舒县。结果自然皆大欢喜，周瑜奉召入朝，曹操下诏封周瑜为海军大元帅，甘宁、黄祖为海军副元帅，组建海军下辖海军陆战队。
经过几个月的试验，中央军区改革成功，曹操当即下诏各军区推行，特殊部队和海军的组建也在稳步进行。
这期间郭辉改良了炼铁和制盐技术，还顺带改良了农具，同时，以太子曹昂的名义发布了水车。
不久后，军衣坊生产的第一批军用衣物也完工了。圆顶头盔、青色军服、千层底布鞋、棉衣、棉鞋等物资一经配发，所有穿戴新式军装的将士都成了耀眼的明珠，按照新式队列往那一站就是一道亮丽的风景线。
郭辉提出建议，为方便将士们洗漱，自元帅至士卒全部实行短发，首批洗漱用具如脸盆、毛巾，由大魏军衣坊免费提供。
建安三年，军制改革完毕，八大军区、海军及特殊部队全部按照预期完成了改革目标。
同年，曹操采纳郭辉的建议，成立皇家医学院，分别以扁鹊和张仲景为外科和内科首任院长，大力发展医学，为军队和民间培养医学人才。