威廉姆斯的阴谋被挫败后，全球进入了短暂的平静期。进化者们开始尝试融入人类社会，但新的暗流正在涌动。
“最近有几个进化者失踪了。“马克在例会上报告，“我怀疑...“
突然，会议室的全息投影被强行切入。一个戴着银色面具的人出现在画面中。
“进化者们，“面具人的声音经过处理，“你们真的以为，威廉姆斯就是最后的敌人吗？“
小雨立刻尝试追踪信号来源，但发现对方使用了某种未知的技术。
“我们是谁并不重要。“面具人继续说，“重要的是，我们为你们提供了一个机会。加入我们，成为新世界的主宰...“
陈默立刻切断了连接：“他们在试图分化我们。“
林夏皱眉：“但他们是怎么做到的？我们的网络应该是安全的...“
就在这时，安娜突然捂住头：“我...我听见了...有人在呼唤...“
其他进化者也出现了类似的症状。小雨立刻展开能量场，试图保护大家。
“是某种...精神干扰...“她艰难地说，“他们找到了影响进化者网络的方法...“
马克调出数据：“最近失踪的进化者...他们的能量特征都发生了改变。我怀疑...“
突然，会议室的门被撞开。几个进化者闯了进来，但他们的样子完全变了。眼睛血红，蓝光中带着诡异的黑色。
“他们被控制了！“陈默大喊。
被控制的进化者发动了攻击。他们的能量变得极具破坏性，而且似乎不受小雨的能量场影响。
“我们必须制服他们，但不能伤害他们！“林夏喊道。
就在这时，一个意想不到的救星出现了。是之前激进的杰克，他现在已经完全恢复了正常。
“让我来！“杰克展开自己的能量场。他的能量中带着一种特殊的频率，能够中和那些黑色能量。
被控制的进化者一个个倒下，恢复了正常。
“你是怎么做到的？“林夏惊讶地问。
杰克苦笑：“因为我曾经也差点走上那条路。我理解那种被仇恨和愤怒控制的感觉。“
面具人的投影再次出现：“有趣的抵抗。但这只是开始。很快，你们就会明白，真正的力量在哪里...“
投影消失后，小雨突然说：“我看见了...他们在海底...有一个巨大的设施...“
陈默调出卫星图像：“这里！太平洋深处，有一个未登记的建筑物！“
林夏感觉心跳加速：“我们得...“
“不。“马克打断她，“这次我们得智取。他们显然对我们的能力了如指掌。“
“我有一个计划。“李博士突然说，“利用威廉姆斯留下的装置。既然他们想要进化者的能量，我们就给他们一个惊喜...“
计划很快制定完毕。进化者们联手制造了一个能量假象，伪装成内部出现分裂。果然，面具人上钩了。
当他们的飞船来“接收“叛变的进化者时，等待他们的是一个巨大的能量陷阱。
“现在！“小雨大喊。
进化者们同时释放能量，形成了一个巨大的能量漩涡。面具人的飞船被完全控制。
但就在这时，一个更大的威胁出现了。海底设施开始上升，露出了一个堪比城市的巨大构造。
“那是...一艘方舟？“林夏难以置信。
面具人的声音从四面八方响起：“没错。当这个世界毁灭时，我们将前往新的家园。而你们，将是我们最好的...能源。“
突然，所有进化者都感觉能量在被抽取。即使是小雨也无法抵抗这种力量。
“他们...在吸收我们的能量...“安娜虚弱地说。
就在这千钧一发之际，张明远的全息投影再次出现。
“是时候了。“他说，“启动'曙光'协议。“
林夏这才明白，张明远留下的程序不仅仅是后门。她快速操作，启动了协议。
整个进化者网络突然爆发出前所未有的能量。但这股能量不是被方舟吸收，而是反过来控制了它。
“不！“面具人第一次露出了惊慌，“这不可能...“
“这是进化者的真正力量。“小雨站在能量场的中心，“不是被控制的力量，而是自由的力量。“
方舟的能量系统被完全改写。面具人和他的追随者被自己的装置困住了。