从崇祯四年（1631年）到崇祯六年（1633年），农民起义军主要在山西境内活动为主。而明朝政府也主要以剿灭为主，接替杨鹤的新任陕西三边总督洪承畴指挥官军加紧对陕西农民军追剿。山西的地方政府同时也指责陕西方面没有把农民军消灭在境内，以至于蔓延到黄河以东地区。
洪承畴作为主帅，率军围剿陕西农民军，此时留下来的农民军实力已经不强，点灯子赵胜被官军杀死，其余的小股农民军也很快被镇压下去。不沾泥、混天猴、可天飞、独行狼、薛红旗等首领都被官兵杀死。而白广恩率部叛变投靠官兵，反过来成为杀害农民军的刽子手，因战绩显著，一直升官到总兵，后来还被崇祯授予荡寇将军称号。据记载，陕西境内的起义军在这一轮官兵围剿中被杀死三万六千人。
随后，官军进入山西作战，继续追剿入晋的农民军。
农民军中，王嘉胤的势力最大，他经常与官军作战，以山西河曲地区为根据地，沿黄河两岸神出鬼没，自号“横天一字王”，并封王自用为左丞相兼军师，大家都尊王嘉胤为盟主。农民军是以从陕西带来的人马为主力，同时大量招募山西当地的农民加入到队伍中，义军不断发展壮大规模。
崇祯四年（1631）4月，延绥东路总兵尤世禄、副总兵曹文昭，山西总兵魏云申三路官兵向河曲进剿。尤世禄、曹文昭都是明朝末年的著名将领，尤世禄多次任总兵职务。曹文昭也很忠勇，是明末最杰出的将领之一。曾经跟随袁崇焕守住山海关外的要地锦州、宁远，建造了著名的关宁锦防线，重建了辽东边军，威震后金女真人的大军。崇祯二年冬，后金大汗皇太极率军绕过明军的关宁锦防线，逼近北京。崇祯皇帝下令辽东督师袁崇焕率军勤王，曹文诏跟随袁崇焕南下与皇太极的后金军在北京一带作战。曹文诏在战斗中表现出色，后又被崇祯皇帝任命为延绥东路副总兵，率领关内军前往平叛。
被官军攻打的王嘉胤避实就虚，撤出河曲，活跃在晋东南阳城南山一带。曹文昭率军追杀，却没取得大的战绩，但曹文昭得知手下军士张立位的姐姐是王嘉胤妻子。曹文昭设下一计，让军士张立位投奔王嘉胤诈降，目的是作为内应。王嘉胤竟然不辨真假，信以为真，结果被张立位买通王嘉胤的亲兵而将其灌醉后杀害。曹文昭率官军随后杀入，起义军大败。曹文昭此战立大功，晋升为临洮总兵。
实际上，王嘉胤领导不善，与其他首领不和，还差点被农民军将领谋害。他死后，义军推左丞相王自用为首领，继续与明军作战。王自用号称“紫金梁”，很有办法，他与山西境内的其他义军联合，再次声势浩大，号称二十万人。
此时，尽管官军各路围剿，但在山西的起义军依然活跃，而且他们此消彼长，分化组合，有的势力被打下去了，有的势力又起来了。当时号称有“三十六营”，但基本上是松散的组合，没有真正统一，主要活跃在与陕西交界的地区。
而曹文诏进入山西境内，继续剿灭农民军，并且取得很好的战绩，他在晋北一带杀死混世王、滚地龙等部。曹文诏成为农民军最强的对手，当时西北地区流行民谚：“军中有一曹，流贼闻之心胆摇”。