盘古很高兴找到了庆甲，说明来意，庆甲也十分乐意随盘古一同征战，条件是胜利之后自己要成为这一界的王！盘古答应了庆甲，并把蛊雕先借给庆甲看管魂魄界。之后庆甲就随盘古和小吼回到了昆仑山，在穹苍洞并没有见到伏羲女娲和昊天，盘古转身看向不死树，只见不死树方向，黑云滚滚，雷电交加，数十只五色巨龙有的喷火，有的翻云雾，有的释放闪电，有的喷水，各使手段，正热闹，又见得三个身影穿梭其中，一边保护着不死树，一边斩杀巨龙，不时有巨龙陨落。再看不死树下还有数十只大妖在围攻中间的五个昆仑之子，其中一个和庆甲一模一样，庆甲鬼魅一笑“来了！”起身飞向不死树，只是围绕不死树做了一个螺旋掠行，众枭枭就倒头晕厥，然后庆甲一个鲤鱼跃，径直又落到地面，掀起的冲击将众枭枭吹散。几个昆仑之子都松了一口气，围拢过来，庆甲对众子道“很高兴又见到你们！”众子笑道“又是一个轮回！”庆甲来到新庆甲跟前“来吧！”只见两个庆甲两手相对，一阵金光后合二为一“这样就可以了！”回头说道“神荼，郁垒，羲和，嫦曦！这次不会让你们轻易死掉了！”
再说和龙族大战的三圣，虽游刃有余，但也架不住龙族的数量优势，只能苦苦支撑，盘古一跃跳进战团，斧钺翻飞，龙甲破碎，血浆纷飞。此时一道白色身影快速在空中腾挪跳跃，便见一只只巨龙应声落地，脑浆全无，吓得剩下的巨龙腾空而去，这才看清那道白影居然是小吼，盘古不禁皱眉，心道“这个家伙竟如此凶悍！”三圣大喜“你们回来了！”盘古带着三圣和小吼来到不死树下，互相见过后，一起回到了穹苍洞，盘古将死去巨龙的血收集到一起，让神荼郁垒以及羲和嫦曦沐浴龙血修炼。
在下一波龙族攻击之前，盘古完成了众神的提升，在接下来的日月中，龙族不停地组织怪兽袭击不死树和昆仑山，众神一次次挫败了他们的进攻，在历次的征战中，龙族的力量消耗又补充，始终不能将对方完全消灭，在不停的战斗中双方都快速成长着。龙族也不停的诞生新的妖上，在不死树之战中联合虫族将不死树彻底毁掉了。众神大怒要一劳永逸的解决这场战争，盘古想起来在不死树下的飞来石，于是提出用飞行石把所有的怪兽龙族都运到月亮上去，于是盘古在接下来的日月中率领众神将飞来石打造成飞行方舟，并在月亮背面建立了十二个怪兽集中营，要将怪兽都关押到月亮背面去。
当诸事准备妥当之后，盘古众神开始狩猎怪兽和龙族。起初，众神一起行动，面对强大的怪兽和龙族抓捕并不是简单的事情，往往是杀死更加容易，伏羲通过观察发明了很多武器，在狩猎行动中发挥了巨大的作用，头一个神器便是——网罟，起先伏羲用芨芨草编织成绳索，在狩猎中起到了拦截作用，但是怪兽还是能轻易的逃脱，凭借神力虽然还能成功，但是所费周章过大，效率并不高。伏羲一直思索如何利用手里的绳索，在一次例行的大型狩猎准备中，在原本设置绳索的位置做了改进，将一侧压低，另一侧提高，并在相对的方向设置了同样的交叉辅助绳索。等到狩猎开始的时候，交叉绳索发挥了巨大的作用，很多大妖都被困在交叉绳索中，此次狩猎大获成功，一次行动就凑够了飞来石方舟。
后来伏羲继续改进交叉绳索，最终将绳索交叉结节在一起，成为可大可小的网罟，既能在伏击时用作陷阱，也可以抛洒成为主动出击的武器。在不停的狩猎行动中伏羲又发现以芨芨草编织的网罟并不结实。于是用盘古传授的三味真火熔炼芨芨草，可惜未获成功，芨芨草霎时间就变的灰飞烟灭了。之后，伏羲尝试做出改变，同时也不断提升自己三味真火的修炼，再把芨芨草浸泡在龙血池中，最后熔炼的具有强大韧性，再揉搓成绳索，这个绳索就连众神都不能逃脱，再编织成网，就是龙族也无法挣脱。众神感叹有了神仙索和索龙网，真正的猎龙开始了，在接下来的日月中不停有龙族被飞来石方舟转运到月亮背面。
也不知过了多少个日月，被逼结节退却的龙族请出来他们的始祖巨龙——应龙妖上，居在昆仑东边遥远的大水当中，在波澜壮阔的大水中有一条深渊深不见底，名曰归墟。当角龙妖上深入归墟寻得应龙，并合盘说出龙族遭遇之后，应龙在沉睡中苏醒，摇晃着巨大的身躯来到大水之上，绞起巨型海啸，刹那间便来到了昆仑山下。盘古众神不觉一阵寒意，便见不知何处的大水卷杂着许多巨龙已经到了穹苍洞，众神慌忙之中迎战，再看周围依然汪洋一片。
猎龙小队首先出击，由庆甲和神荼郁垒率先进攻，平时栽倒在他们手上的龙族妖上和大妖何止千千万万，角龙看了一眼应龙妖上，应龙没有回应，角龙带着几只龙就冲向了庆甲他们，只见得雷电交加，烽火齐冥，原本因为数量优势，角龙还能游刃有余，忽然间庆甲燃起三味真火，以极快的速度在角龙身上猛砸三拳，角龙吃痛闪躲，跳出战阵，不晓何时一个索龙网迎头飞来，正好罩住了角龙，顺势就跌落尘埃，被伏羲女娲用神仙索捆了个结结实实，角龙不停嚎叫，呼唤应龙出手。这边话音未落，其他几条巨龙也扑簌簌掉落尘埃，也都被索龙网罩住生擒了。应龙一时没有反应过来，问旁边的夔龙“这是何物？”夔龙道“老祖宗，这个是他们制造的‘索龙网’我们好多兄弟都是吃亏在这个东西上，任是风雨雷电都不能毁掉，而且越是挣扎捆绑的越紧，哎！老祖宗，你有办法破解这个东西么？”应龙只是冷眼盯着被绑缚的龙子龙孙，在浪花之上大吼一声，此声有风有雨又有雷，风将树木吹倒，雨将山都冲塌，雷将索龙网击的粉碎，众神大惊。
就见得原本捆起来的角龙等挣脱束缚回到了巨浪之上，有一只巨大的老龙走了出来，比角龙等大数倍，四肢也有明显区分，后肢更加孔武有力，背后还有一对翅膀，在空中一个摆尾就将猎龙小队拍飞到昆仑山上，众神还没有回过神来，应龙就已经闪现到跟前，一声龙吟，众神就随风雨被吹到地上，深深陷在淤泥之中，紧接着就是大量的滚石树木砸落在他们身上；再一声龙吟，三味真火喷涌而出，众神还没有还个劲来就被三味真火包围，虽然他们也有三味真火护体，但是也感觉到滚热难耐。盘古使劲一跳才看清，这个老龙居然在用自己的三味真火熔炼昆仑山，整个山都要融化了，这时一道白光从中跳出来，迅速跳到老龙头顶，是小吼要啃食老龙头，但是不论小吼如何手段竟不能伤及分毫。盘古见状，也加入战斗，打断了老龙熔炼昆仑山，斧钺翻滚中噼啪作响，但是不见老龙有丝毫损伤，其他诸神也从昆仑山中挣脱出来，加入群殴战斗，只见九道诸神之炎外加一道白光围绕老龙快速旋转，各种神兵翻飞，乒乓叮当之后并没造成分毫伤害。
盘古诸神跳出战阵，老龙冷笑道“这就是你们的所有手段了？‘昆仑之子’百世的修为也不过如此！让你们看看什么才是不死树真正的力量！”老龙盘旋到半空，口出惊雷，将昆仑山击碎一半，众神皆被击中，倒地不起，老龙俯冲而下，将众神踩到泥石当中，盘古站起来继续迎战，用斧钺架住龙爪，使出浑身劲劈开一道绝杀，硬生生将龙爪斩断，龙血喷溅到盘古脸上，此时一道白影闪过，小吼紧紧咬住老龙流血的爪子，只是眨眼功夫就变得通体鲜红，老龙甩了半天也没有把小吼甩下来，他还在贪婪的吸着老龙的血。此时其余诸神也从地上站立起来，有的已经负伤，稍还片刻，又都开启三味真火要继续大战。盘古摆手把诸神叫到一起，言道“这个老龙妖是万龙之祖，凶悍异常，我发现我们的武器想伤他实在不易，倒是击中攻击一点胜算较大，现在他的一只脚趾被我伤到，这一会儿又被小吼吸取很多血，这条腿应该是他的薄弱之处，我们就击中打击这里！”说话间小吼已经被甩飞出来，这时就像被点燃的火球在地上翻滚。
诸神按照盘古的吩咐不再各自为战，变得有次序有目标的攻击一个地方，老龙虽然还是依旧凶猛，但是也开始吃痛回避保护那只流血的爪子。在水浪之上的角龙夔龙等眼见老祖龙吃亏，便一拥而上加入战团。诸神一下便被包围，有的被三四条巨龙围住，有的被四五条巨龙围住，整个昆仑山被电闪雷鸣包围，天和地依然是分不清，日月也已看不清，刀光剑影响彻整个天地间。浑天浑地的大战了不知道几个日月，双方都疲惫不堪了。
诸神在巨龙围困中也一直不得脱身，诸龙妖上也开始伤痕累累。万龙之祖的应龙对战的是盘古和小吼，此时节都已经身负重伤，盘古心知“这个龙族老祖必须由自己终结，不然他会把诸神都杀死。但是以现在自己的修为，很难取胜！唯有与之同归于尽！”拿定主意后，盘古的打法就变了，挥舞着斧钺直接贴身而战，丝毫不再顾及老龙的反击，小吼察觉到不对，也拼命吸引老龙的注意，不再防守。盘古更加将自己变得巨大，用斧钺狠狠地劈向老龙，一次，两次……老龙缠绕着盘古巨大的身躯，使劲的绞杀，双双也将三味真火开到最大，小吼都无法抵挡，直接晕倒了。盘古和老龙还没有罢手，继续加强自己的力量，宛如太阳一样的光芒伴随着爆炸将诸神和夔龙等震飞，光芒退去，在巨大的坑底是缠绕在一起的盘古和老龙祖的尸体。
双方伤亡惨重，龙族见老祖龙战死，统统发出震天的龙吟，诸神相互搀扶着围拢到盘古身边，满含热泪的望着渐渐化作土壤的盘古和老龙。此役之后，龙族再也没有与诸神一战的能力，迅速被驯服并封印在月亮之上。众神重新分配了三界，大地之上为阳界，由伏羲女娲和小吼掌管；三十六层天上为天界，由昊天与羲和嫦曦掌管；一百三十六道门下为阴界，由庆甲和神荼郁垒掌管。三界初分，昊天打理天界，在紫微星和北斗星中间修筑天门，号南天门；再取飞来石建紫微宫、凌霄殿，居中央；于汤谷扶桑树上修筑东天门；昆仑之巅盘古到处修筑西天门；武当山天柱峰顶有北天门。此四天门即通阳界也入阴界，为三通之所。庆甲打理阴界，在幼泽之下修建酆都城自称酆都大帝，在天门之下建鬼门关，一道鬼门一道关，处处都有一百三十六道门一百三十六道关；伏羲打理阳界，见这一界美丽如斯，不忍毁坏，只在昆仑山上择洞而居，尊自然号无为归于无形。
阳界中山川秀丽，一日女娲来到盘古战死的地方凭吊，不觉悲从中来，抬望眼此处已经郁郁葱葱。女娲鞠起一捧盘古所化的土壤，仔细看时发现与别处并不相同，金灿灿中五彩斑斓，捧在手中挼搓之后韧劲十足，松开手似有呼吸，一松一弛律动自然，不自觉唤出名字“息壤”，十分珍视。女娲继续在手中揉搓，因心中想着盘古的样子，不自觉中将手中的息壤捏成了盘古大神的样子，一看不觉一惊，随后又摘了一朵花按到其后背上，放在一旁，心中不仅高兴起来。接着女娲又抓了一把息壤继续挼搓，捏来捏去就成了形，都和盘古一样，看着这些泥胎，女娲心情大好。她又突发奇想，就照着自己捏一个泥胎，于是放在一起，挺美，欣赏了一阵，索性就把诸神都捏了一遍，看着越来越多的泥胎，女娲满意的叫来诸神欣赏。诸神都纷纷称赞，小吼道“要是能动就好了！”庆甲道“这还不好办！我们一人出一份真气，注入泥胎中，他们就能活过来了！”诸神闻听，都说好主意。
昊天制止道“你们看这里面形态不一啊！”确实，大部分是盘古的样子，有明显的两足，诸神的泥胎却是形态各异，有的和盘古一样有双足，有的是巨大的尾巴，伏羲道“女娲，不如你把我们几个的尾巴改成他们一样的双足吧！”昊天道“还有跟你羲和嫦曦一样的泥胎太少了，要多一点才好！”女娲听罢“你们说的都对！我再改改！稍后请你们不要吝啬自己的真气！”诸神约定一日后再来。
等第二日再来时，诸神都十分爽快，首先是三界的主管大神伏羲昊天和庆甲将真气化成三道光分别驻入这些泥胎之中，伏羲给的是灵气，昊天给的是生气，庆甲给的是觉气，三股真气进入后所有的泥胎都开始呼吸起来。就看泥胎胸口起伏有规律，肤色也越发接近盘古大神的样子，随着呼吸的继续有一股气从众泥胎口中探出来，伏羲道“我们的真气把息壤中残存的盘古大神的气唤醒了，女娲你们快点注入你们的真气”女娲等众神马上将自己的真气分别注入，神荼给的是精气，郁垒给的是英气，羲和给的天冲气，常曦给的是气气，小吼给的是力气，女娲给的是灵慧气，六股气围绕着盘古的中枢气，分别进入各个泥胎。
庆甲道“有我们的三道光为魂，现在又有七道真气为魄，魂魄具备，活过来吧！”话音未落，众泥胎便熙熙攘攘起来。诸神都欢天喜地道“这些泥胎活过来了！”“他们叫什么名字呢？”小吼问道，昊天回道“这些泥胎是女娲造的，自然叫‘女娲之子’！”“女娲之子！好倒是好，就是有点啰嗦，需简单点好！”伏羲道。常曦道“女娲给他们每个后面都按上了花的印记，数量也挺多的就叫‘百花’吧！”羲和说“‘百花’这个名字挺好！”女娲思索道“叫‘人’如何？”“百花？人？女娲之子”“叫‘人’挺好！”于是女娲就造了人，还命名了人。拥有魂魄的泥胎成为有生命的人，生活在阳界婚配繁衍，当生命终结时魂魄要到阴界接受审判和再分配。
人类感念众神，特别是女娲的制造之恩，繁衍起来之后，一代代越来越多，专心供养女娲。伏羲在人类早期的发展中又传授了结网渔猎技巧，约束婚配制度，并教人以姓氏称呼区分，还把阳界万物命名记录教习于人类，也得到了人类的供养，成为与女娲一般无二的大神。阳界最后一位神小吼却因为负责清理尸体完成循环，而被人类惧怕，受到人类的诅咒，并改称为“犼”，这让小吼十分生气，就将各种尸体中混杂的疾病和痛苦死亡传播开来，人类的生老病死越发的频繁，即便伏羲女娲出手，也并没有改善人类面临的困境。
只有一伙人例外，并不受生老病死的困扰，而且他们还用各种根茎草石救治人类，是各个部落的远祖，他们的生命远远超过了自己的后代被称为“巫仙”。伏羲女娲知道他们就是初代女娲之子，由女娲亲手捏造的泥胎，由于体内是诸神的真气，再加上盘古所化的息壤，成为不死不灭的存在，更在日常生活中积累了心智与力量，成为能比肩众神的存在。伏羲女娲害怕他们的存在引起诸神的愤怒，告诫他们要隐藏自己的踪迹，千万不能引来诸神的讨伐。