在太阳下，土地中跳出了“石”，大气里中跃出了“水”，云海中走出了“云”，只有树木，没有精灵，但世界上有了精灵。
“石”已经三千万岁了，他看到了自己的死亡。在一座高千丈的石头宫殿里。作为族长的“石”跪在台阶下，看着上面供奉着的神，“石”不由得回忆起自己的一生。
它出生在阳光里，经历了无忧的头一个万年，认识了云和水。它在神的脚印边见到了嬉闹的云，云无忧无虑，于是云同意了与石一起去看看世界。它们在巨木下撞到了从树上下来的水，水说“天上太无聊。它想出去走走。”
于是它们花了十万年去探索这个世界，但世界广阔，从来没有边界。直到在一处大海上，水见到了和自己一样的生灵，它对石和云讲：“看来，我有其他事情要做了。”石有了思考，它和云沿着云道向前，又回到了它们相遇的云海边，石说；“回去吧，我也有我的事情要做了。”云思考不出为什么石和水都有事情，于是一头扎向了云海，它要去探索云海的底。
接下来的第一个一千万年里，石看到了越来越多的和自己一样的石头出现。于是学着“水”去建造一个村庄，石将自己建造的村庄叫做“土”。
当第一批石头长大，它决定去看看世界的尽头。它在不见底的云海中呼叫云，云没有回应，在那里等了一万年以后，石说：“云没有事的。”石攀爬上巨木去寻找水，水说：“当你找到神的时候，记得告诉神我和云的虔诚。”水知道石的目的，但水不觉得神会在乎。
在世界的尽头，石见到了太阳，太阳的温暖让石感到留恋，它对着太阳高喊——“神！”
但金色的光跃出了太阳，整个世界都没有了颜色，金色的光说：“神在沉睡，我只是神的使者，神会在下一个千年中醒来，即时我们一同朝拜！”石同意了。金色的光接着说：“我会告诉神你的事迹，神会因为你而高兴！为此，我将告诉你只有你知道的秘密，那就是，石，要远离云海之底，没有石头可以走出那里。”
再回去时，石找到了水和云，告诉它们“神的使者让我们在五百万年后去寻找神！”水和云同意了。
水在石回去时叫住了它，“石，山吃了你的村庄。我觉得你需要我们的帮助。”石觉得这是水的玩笑，于是没有在意。云问水说：“为什么呢？”云没有自己的族人，它不明白。水只是自言自语说：“其奈公何。”
当“石”的旅途结束，回到石的村庄，已经是第二个千万年。村庄荒废了，大大小小的碎石头散乱在村庄里。石感到悲痛与恐惧，它从幸存的石头那里得知有一个新的族群诞生了，叫做“山“。山的族群只有山一人。它喜欢吃石头，它用石头的尸体建起了一所巨大的房子，每天都会去寻找那些幼小的石头。石知道了这不是水开的玩笑，而是血淋淋的事实。
山知道石回来了，石头们聚集在一起，组建了防线。
山原本也是石，但石头们不这么觉得，村庄中最大的石头比不上山的尾巴，石头们说：“山，你太大了，这里不适合你。”
山闷声说道：“可明明我们长的一样。”
石头们说：“你太大了，我们会害怕！”
山发誓道：“不会的，我会注意的。”
但石头们可不相信，它们一边嚷嚷着：“不行的，你太大了。”一边将山推向外面。但事实上山要比整个村庄都大，石头们根本推不动它，但是山还是转身了，山很伤心。
山最终辗到了一块石头，将它压得粉碎。石头们慌不择路的逃串，连带着山也慌乱起来，在慌乱中，山又压碎了许多石头。
石头们将村庄让给了山，它们只觉得山恐怖。
石不知道，石认为山是不好的，不好的就是错误的。于是石找到了水和云，让它们去告诉山“山，我们知道石在哪里。”于是山去了云海的底部，石看着山为了去见不曾见过的自己走入了云海，再也没有回来。
云和水问石：“石，这样子真的可以吗？”
石头模仿着金色光芒的语气说道“除非云海枯竭，除非天海倒灌，除非巨木见伐。否则，山将永远待在云海之底。”
石让水的族人和云一起去寻找世界各地的石头，并带给他们石的话，“流亡在世界各地的石头们，回来吧，首恶已伏诛了。”
石在村庄的原址上建立起了新的村庄，发现在山的房子上的石头更容易成为自己的族人，但后来它知道这是因为在阳光下的石头能成为自己族人的更多，于是寻找到了离太阳最近的地方，还是山的房子。
在一切安定以后，石用神使的语言创造了一种世界上的都能使用的更为简单的语言，并告诉了云和水。
五百万年前，它要履行与水和云的约定，去见创造了世间万物的神。已见老朽的石带着同样老朽的水和云来到了见到太阳的地方，太阳如同一千五百万年前一样璀璨，但这次，神的使者不再邀请它们。
神的使者从太阳上跃下，无数的光点汇聚成神的模样。告诉他们“这，是创造我们的神！
神说，山石为精，云水为灵。所以你们就叫做精灵吧。”
云在雀跃，水在沉思，石在发问：“神，还在睡吗？”
光点消散了，又汇聚成了一条从未见过的生物，它几乎笼罩了半个世界，它在石的头顶环绕着石，“神赋予了我的生命，我给予了你们灵智，我，何尝不是你们的神？神在沉睡时世界一切的运转都是我在负责，我何尝不是这个世界的神？既然如此，又何必如此执念于一位不在乎世界的神？”
水疑惑道：“神的世界神为什么不在乎？”水知道自己会在乎自己的族人，哪怕不是因为自己而出现。但神，为什么不在乎自己亲手捏造的世界？
又化漫天的金光作神的模样“精灵们，神说，神不在乎。”